明清时代，由于人口流动的频繁，瘟疫的爆发是较多的，多数省份五分之一的年数都有瘟疫的记录。王朝更替的时代，由于战乱、饥荒导致的人口死亡和行政秩序的失控，瘟疫就越发严重。但汉末三国之后，中国确实没有爆发过灭世级别的大瘟疫。明末大瘟疫主要集中在华北地区，并非像汉末瘟疫那样全国性爆发，而明朝人口呈现出北少南多的特点，华北人口并不是很多。明末人口的损失，主要还是小冰期导致的大规模饥荒，以及战乱的破坏，尤其是清军疯狂的屠戮烧杀导致的。笔者认为，明末瘟疫导致的死亡应在数百万级别，程度较之汉末大瘟疫的数千万人还有距离（汉末瘟疫造成至少3000万人死亡，汉末乱世后人口仅剩1000余万的估算是已经考虑到人口隐匿的结果，实际上西晋建立前夕全中国在册户口仅有440万人）。
▲曹树基教授
曹树基教授认为明末大鼠疫造成1000万以上的人口损失，以力证其提出的“老鼠亡明”的说法，未免对明末瘟疫导致的人口损失有所夸大。如果明末大瘟疫真的达到灭世级的破坏性，理应对大顺军和清军也造成很大打击才是。不过明末大瘟疫的惨烈在中国也是数百年一遇的，确实造成了北方人口的严重伤亡。万历初年，就有零星疫情，“万历八年，大同瘟疫大作，十室九病，传染在接踵而亡，数口之家，一染此疫，阖门不起”。研究者推测，俺答封贡之后汉地和蒙古草原交流增加，蒙古草原上的鼠疫被带到了中原。万历后期小冰期正式开始后，由于人口大量死亡，瘟疫大规模爆发，当然更重要的原因是气温下降和旱灾导致老鼠成群迁徙，引发了瘟疫的快速传播。
▲《大明劫》中军队遭受瘟疫的惨状
鼠疫的情况，先是腋下和大腿间生一个硬包，然后吐血而死，服药无效，亲友们即使有活着的，也不敢问吊，有人一家死绝，无人收葬。由于饥荒，人们往往捕捉老鼠或者以死鼠尸体为食，并成为流民四方流亡，这就越发促进了鼠疫的传播。在蒙古高原上的定期鼠疫爆发，就是因为游牧民族为了补充食物来源捕食草原黄鼠等鼠类所致。从1408年到1643年的200多年间，发生大瘟疫19次，只相当于汉献帝一朝的数量。这足以证明张仲景的医学研究成果普及之后，中国抗击瘟疫的水平是上升很多的。但明代瘟疫又尤其集中于明后期，以崇祯朝最烈，这是小冰期肆虐以及政府赈灾机制崩溃的结果。
崇祯九年（1636年），鼠疫开始在陕北的榆林、延安肆虐，但由于陕西已经人口流散严重，鼠疫并没有大规模蔓延到关中地区。崇祯十三年（1640年）到崇祯十七年（1644年），则是瘟疫在华北毁灭性席卷的五年，尤以河北最为严重。崇祯十六年，（1643年），京师大疫，死者在20万人以上，而当时北京人口为80万到100万，有四分之一到五分之一死于鼠疫。
▲《大明劫》海报
前些年很火的历史电影《大明劫》，就描述了当时华北鼠疫蔓延的惨状。这里，我们就要讲明末瘟疫中涌现的一位名医——吴又可，也就是《大明劫》的男主角。按照影片的说法，吴又可的《瘟疫论》所记药方“达原饮”对于抗击2003年的非典型肺炎做出了贡献。笔者才疏学浅，无力考证，且留待方家赐教。
▲但吴又可的医学成就是不容抹杀的。
明末鼠疫时，医生们使用伤寒法治疗，即张仲景流传下来的方剂，往往无效。这说明两个问题，其一是伤寒法过去长时间内是有效的，其二，汉末大瘟疫在内的旧时瘟疫应当并非鼠疫，因此伤寒法对于鼠疫的效用有限。江苏吴县名医吴又可面对崇祯后期瘟疫在华北疯狂爆发，甚至蔓延到南直隶地区（现代的安徽和江苏），瘟疫爆发时“一巷百余家，无一家仅免，一门数十口，无一仅存者”的惨状，深有感触，写下了医学名篇《瘟疫论》。吴又可认为，瘟疫非风非寒，非暑非湿，非六淫之邪外侵，而是由于天地间存在有一种异气感人而至。
▲《大明劫》中的吴又可剧照
吴又可在《瘟疫论》中指出，虽然张仲景《伤寒论》中提出时行之气有传染之说，但据实际情况，有时行之气未必有疫，故而时行之说不可使人信服。人之是否得疫病，是由于厉气所致。厉气是杂气中之一，每年都存在。疫气的存在盛衰多少，与地区、四时与岁运有关。感受疫疠之气之后，可使老少俱病。这是在张仲景的基础上，进一步强调了瘟疫的传染性，并猜想到了病原体的存在，比欧洲要早近200年。列文虎克在17世纪就发明了显微镜并发现了微生物，然而欧洲仍然到19世纪才提出病原体学说，首先提出微生物导致疾病的医生塞麦尔维斯，甚至被当做精神病不被认可而抑郁自杀。
▲列文虎克在17世纪后期就发明了显微镜。由吴又可的研究观之，如果没有清朝的闭关锁国，显微镜快速流传到中国，中医是有可能自发发展出近现代医学体系的。
吴又可又明确指出，瘟疫由口鼻侵入，通过呼吸传播，强调与病患隔离的意义，并发明了治疗鼠疫颇有疗效的“达原饮”，成为中国温病学的开创级人物（温病，即瘟病也）。
▲叶桂，字天士
1644年，清军南下，吴又可因拒绝剃发，遭到杀害，妻儿随之自尽。但他的医学成果，在清代得到叶天士、薛生白等人的传承，发展成为完整的温病学体系，中医在清末鼠疫流行时与西药一同发挥了重大作用。清末大鼠疫爆发于云南，而传染到世界各地，但中国死亡200万人，而印度死亡多达900万。
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