生物学研究表明，人类的Y染色体最初和X染色体一样拥有超过1400个基因，而目前Y染色体只有78个有效基因（能编码蛋白质的基因），X染色体则拥有1098个有效基因，其中54个在Y染色体上存在等位基因，说明人类Y染色体的演化速度远高于X染色体，而且在以每百万年4~5个的速度失去基因。
Y染色体
人类拥有22对常染色体和一对性染色体，其中独特的Y染色体决定了一个人的性别，XY为男性，XX为女性，X染色体和Y染色体具有高度特异性， 甚至Y染色体长度只有X染色体的三分之一。
两者的基因差别更大，Y染色体中的78个基因，其中只有54个能在X染色体上找到等位基因，其余的24个基因处于非同源区段，也正是这几个基因，决定了男性和女性的差异，赋予了男性更强壮的力量，以及不同于女性的身体结构。
Y染色体的表达能力比X染色体强很多，以至于哪怕生殖细胞在减速分裂时出错，最终导致包含“XXY”的受精卵形成克氏综合征，两条X染色体的表达也不及一条Y染色体，其个体的外观也将表现为男性。
Y染色体变短
关于Y染色体变短的说法，最初是在2002年，澳大利亚一位科学家在国际基因组学大会提出，他的研究表明，人类的Y染色体正在逐渐失去基因，按照目前的速度，大约400万年后Y染色体将彻底消失。
人类基因组总共拥有30多亿个碱基对，其中Y染色体拥有大约6000万个碱基对，X染色体拥有1.5亿个碱基对，每对常染色体中的基因都有相对应的等位基因，等位基因的存在可以有效降低有害的基因突变。
对于性染色体来说，由于各自都存在大量的非同源区段，这些基因在另外一条性染色体上没有等位基因，所以这些基因一旦发生有害突变，后果是很严重的，比如男性的不育症中，有大约30%是由于Y染色体微缺失造成的，又比如Y染色体长臂Yq11缺失将造成无精症等等。
Y染色体彻底消失会怎么样？
科学家已经有过相关的研究，Y染色体上决定雄性性别的基因叫做SRY基因（睾丸决定因子），哪怕是Y染色体彻底消失，只要人类还存在，其决定性别的SRY基因也不可能彻底消失，而是会转移到其他染色体上，以其他方式影响着人类的性别。
在地球上的众多生物中，目前已知有三种哺乳动物的Y染色体已经彻底消失，分别是鼹形田鼠、奄美刺鼠和冲绳刺鼠，这三种鼠类虽然没有Y染色体，但是它们依旧有雌雄之分。
研究表明，在棘鼠的第二条染色体中，有一个独特基因决定了性别，由于消失了一条染色体，它们的染色体总数变为了奇数，比如鼹形田鼠的染色体数只有17条，性染色体只有X没有Y。
人类Y染色体的进化速度远高于其他染色体，但是我们不必为Y染色体的消失而担心，生物的进化只能是朝着有利方向进行，人类的染色体虽然存在变异，但是整体上是利大于弊的。
科学研究表明，人类的性染色体最早诞生于1.8亿年前，然后X染色体和Y染色体朝着两个方向演化；在大约500万年前，人类祖先的两条染色体融合成一条（2号染色体），人类最终拥有23对染色体，但是另外一个分支黑猩猩没有这次融合，所以黑猩猩拥有24对染色体。
染色体变异在生物中是很常见的，因为DNA在复制时避免不了出错，对于人类的Y染色体来说，拥有6000万个碱基对，即便在两代之间，也有大约600个碱基对被重写，这当中，有些变异可能对人类有利，有些则对人类有害，自然选择会对其进行挑选。
