益生菌可以通过改善宿主肠道菌群平衡对人体发挥有益作用，包括乳双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、嗜热链球菌等。
不过，益生菌能够在人体内发挥作用，需要满足很多严格的条件，而且缺一不可。
首先，需要获得特定菌种。每一类益生菌发挥的功能是不一样的，如果希望改善肠道健康、促进消化，必须饮用具备促进消化功能的益生菌，如嗜酸乳杆菌和双歧杆菌。
其次，必须获得足够数量的益生菌。我们的肠道中有上百万亿的细菌，益生菌数量太少的话也无法发挥作用。通常来说，一次需要吃约1亿多个活菌，且在一段时间内连续服用，才能够达到效果。
最后，也是最重要的，必须保证进入肠道的益生菌是活着的。由于活菌对环境要求非常苛刻，外界温度稍有变化，就会导致大量活菌死亡，而死细菌对肠道没有任何作用。即使有益生菌存活，它们也很难通过胃液进入肠道发挥作用，即使通过胃液的考验，最后进入肠道中的量也非常少。
如此看来，目前市售的益生菌产品几乎无法满足以上这3个条件。腹痛、腹胀或便秘的话靠喝益生菌饮料并不靠谱。而且，目前的研究表明，即使满足以上3个条件，益生菌对于改善肠道健康更多的也只是辅助作用，无法达到直接治疗的效果，更不能取代药物。
益生菌改善消化不良的说法其实没有足够的科学证据，市售绝大数益生菌食品也不能真的改善肠道问题，只是商家的营销噱头。而且大部分都是高糖饮料，要尽量少喝。相比这些益生菌饮料，更建议人们把酸奶当作一种比较健康的饮品饭后喝一些。
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