艾滋病从20世纪末爆发后，带来了广泛的社会影响。有那么一小撮丧心病狂的艾滋病患者出于种种原因决定报复社会，故意隐瞒自己的病情，并在不采取任何保护措施的情况下与多人发生性行为，把艾滋病传染出去。
而艾滋病病毒跟近年受关注的伊博拉病毒不一样，其潜伏期相对长，因此当你终于发现自己被感染了，想要回头指证犯人的时候就会比较困难：犯人必然会狡辩说你是从其他地方感染的，而跟他没关系。同时，艾滋病病毒繁殖得很快，短短24小时就可以复制出几十亿个子病毒。身为RNA病毒，他们的基因突变率非常高，因此，传统的DNA比对方法（比如比较现场血迹和嫌疑人的DNA）在艾滋病上很难行的通：等到你发现自己感染了艾滋病的时候，你身上的病毒都不知道突变过多少次了，而犯人身上的病毒也在不断突变，几乎不可能把两者匹配到一起。
艾滋病病毒三维模型
难道犯人会就此逍遥法外吗？别急，在进化生物学家的眼里，类似这样的案例几乎就是一个异地分化的过程：犯人身上携带的艾滋病病毒中有一部分感染了受害人，留在犯人身上的病毒和跑到受害人体内的病毒，各自在不同的环境中独立进化，形成了二者之间的差异。有没有一种似曾相识的感觉呢？这简直就是人类进化史的缩影嘛！人类祖先有一部分走出了非洲，迁徙到了其他地方，留在非洲的人和迁徙出去的人，各自在不同的环境中独立进化，形成了不同人群之间的差异，这不是咱的老本行嘛！既然能搞清楚人的进化史，这小小的艾滋病自然不在话下啦！
比如德州有一名男子被控故意传染艾滋病给六名女性，于是，警方对这七人各自身上的艾滋病病毒进行了采样，同时也采集了当地与此案无关的其他艾滋病病人的样本，和数据库中的艾滋病病毒的数据一起作为对照，分析其亲缘关系（也就是一个迷你型的进化树），结果如下：
其中，彩色标识的CC01-CC07是涉案的七个人（为了保证客观性，实际操作的科学家只知道样本编号，不知道具体来源），黑色的是来自当地和网络数据库上的非涉案人员样本，大红点是最近的共同祖先。
结果表明，涉案的七个人身上的艾滋病病毒有最近的亲缘关系，并且CC02~CC07的样本都源自于CC01的不同分支，呈现并系群（paraphyly）的状态。换句话说，CC01是感染源，他身上的病毒中有一小部分感染了CC06，一小部分感染了CC07，一小部分感染了CC05……以此类推，由于每次感染都只有一小部分病毒从CC01身上跑到其他人身上，所以从CC02至CC07的所有样本的病毒才会簇居在CC01这个源头分支之下，彼此之间都是独立分支。
科学家由此提交报告指正CC01是传染源，而庭审时，样本身份揭晓，CC01正是被告，结合其他证据，犯人最后被判了45年，为受害者们主持了公道。
