近亲繁殖危害性较大，生出的后代患遗传病几率高，如果一个物种长久的近亲繁殖，最终就是灭绝的下场。所以说并不是大自然的进化不允许生物近亲繁殖，主要还是因为近期繁殖的后代在自然界中生存的能力大概率较弱，最终就会被淘汰了。
在非洲大草原上狮子作为食物链上的王者，它们也是唯一群居的猫科动物，这主要还是和生存环境有关。竞争性较强，需要团队合作的去捕猎，这样效率就更高，在自然界中就比较好生存。一个狮群中一般都是1-2只雄狮，6-7只雌狮，剩下的就是狮子宝宝。一般雄狮作为狮王，在一个狮群中能待个三五年左右的时间。
一个狮群的后代会有共同的“爸爸”，当它们长大后尤其是雄狮在三岁左右就会被赶出狮群，去自力更生。而小雌狮部分会留下，一部分会进入其它狮群，变为妈妈。这一套的繁殖机制下来，就避免了狮王和小雌狮交流以及第二代小雄狮和狮群中雌狮交配，避免了近亲繁殖的发生。
一个物种有近亲繁殖的趋势，那么最终的结果就是被自然环境所淘汰。遗传疾病就像是一个个被封在密闭空间中的小怪物，一般情况下需要两把钥匙共同使用才可以打开。因此在正常的物种繁殖交配情况下，发生遗传疾病的概率就较低。而如果是近亲繁殖，这意味着两个亲本之间存在的基因重复性就很高。例如单基因遗传病符合孟德尔规律，如果一个疾病是常染色体隐性遗传，那么亲本中的基因型可能都是（Aa），那么后代中出现隐性纯合子的概率就为四分之一。
那么如果是近亲繁殖，亲本中的遗传基因就比较相似，两个亲本都可能携带相同的隐形致病基因，最终就会出现隐性纯合子，表达出来就是一种疾病，常见的如白化病等。但如果不是近亲繁殖，即使亲本中的一方携带了隐性致病基因，而另外一方是显性的纯合子，那么后代就百分之一百不会出现类似的情况。
一般近亲繁殖都是为了保证基因的纯正，尽量避免其它基因的参与，例如很多人都喜欢纯种的宠物狗，它们都具备观赏性和经济性。但从生物学角度来看，这种行为是不适合物种发展的。拿最近的朝代清朝说起，它们就比较喜欢近亲结婚，这也导致了在清朝末年作为爱新觉罗家的一员，溥仪几乎不具备生娃的能力了。
溥仪和它的皇后
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