2001年《亚特兰大宪法报》推出“该给新总统布什推荐什么样的书”征集读者推荐活动，其中就有罗伯特·肯尼迪的《十三天：古巴导弹危机回忆录》一书，理由：对“制定关键的决策有意义”。作为当时美国司法部长，罗伯特·肯尼迪是肯尼迪政府处理这次危机的主要决策人之一。在书中，虽然他不免会对自己的哥哥流露出赞美之辞，但处于危机期间的肯尼迪总统的确表现出克制、灵活以的外交技巧，以及一个负责任的成熟政治家的风范，少了“猪湾事件”中的年少意气。危机过后，狐性十足的赫鲁晓夫对他产生了英雄惜英雄之感。
1962年10月16日到10月28日，是人类最接近核战的十三天，人类毁灭“末日之钟”的时针，距离地狱午夜只差一分钟。哈佛大学教授、肯尼迪总统特别助理小阿瑟·施莱辛格认为：“不仅是美苏冷战年代最危险的时刻，而且是人类有史以来最危险的时刻。”古巴导弹危机三十年之后，从苏方解禁绝密档案获之所披露的内幕后，原肯尼迪政府国防部长罗伯特·麦克纳马拉极度震惊，险些从办公室的椅子上跌落。
1959年１月，亲美的巴蒂斯塔政权独裁的统治被卡斯特罗起义推翻了，开始建立起新的国家政权。新政权实行土地改革，没收庄园主的土地，取消封建剥削，禁止外国公司在古巴占有土地，并将石油、钢铁、采矿业收归国有。这些措施严重影响美国的利益。要知道，这些庄园和企业多数是美国或者由美国人控制的。美国政府一直对卡斯特罗政权耿耿于怀，欲处之而后快。
于是，美国招募古巴流亡分子训练，在危地马拉成立了古巴旅，想借此武装侵略古巴，重新在古巴建立有利于美国的政权。得到肯尼迪首肯后，流亡者军队在美军帮助下，于1961年４月15日在古巴猪湾登陆，准备重新夺回政权。
然而，卡斯特罗政权得到了苏联的援助，不仅在经济上加强联系，还在军事上提供军火、军事顾问及培训飞行员等，古巴仅用三天就很快平息了叛乱。
此事让美国肯尼迪政府脸上无光，国际威信严重受损，又受到国内激进人士的责难。于是，美国又开始计划代号“猫鼬行动”的秘密战，目的是策动推翻卡斯特罗政权的起义，而美国将动用美军驰援。除此，美国还加紧完善早就制定的由美军直接入侵古巴的各项计划，还于1962年春在加勒比海进行了几次具有针对性的大规模演习。美古关系更加恶化。
而此时的赫鲁晓夫，确信肯尼迪会在苏联的压力下垂首帖耳，认为只有得到苏联政府的帮助，古巴才能防御美国的再次侵略。
除经济援助、政治支持外，苏联也在全面提高古巴的军事防御能力。1962年４月12日，苏联向其提供180枚SA－２地空导弹，加强古巴防空能力，外加一个巡航导弹群，加强其海岸防御。
不过苏联也知道，提供的这些一般性武器，古巴还是无法抵抗美军的真正的大规模入侵。于是，赫鲁晓夫产生了在古巴部署核导弹的想法。1961年７月，苏古双方达成布署核导弹的秘密协定。次年１月，第一批核导弹秘密运抵古巴，10月中旬完成部署。
在对古巴施压的同时，美国一直密切关注古巴与苏联的关系，特别是双方军事关系的发展。
为了对古巴进行空中侦察，美国出动了U-2侦察机，并于1962年10月14日拍摄到首个中程弹道导弹发射场。后经确认，这是古巴正在圣克利斯托瓦尔地区修建3个导弹发射场。随后，U-2又发现两个导弹发射场，并在圣胡利安机场发现装运伊尔--28中程轰炸机的板条箱。
肯尼迪总统得知后，十分震惊，认为必须制止苏联在美国家门口部署核导弹的行动。接着，他指定一个包括副总统和国务院、国防部、中央情报局、司法部、财政部等部门的重要官员在内的专门小组，以国家安全委员会执行委员会的名义秘密研究对策。经过多方权衡利弊，执委会多数人同意：对古巴进行海上封锁，实行军火禁运，并加强空中监视和警告。
同年10月20日，美国决定对古巴实施封锁。
两天后，美国政府政府将封锁的决定向苏联驻美大使进行了通告。肯尼迪发表电视讲话，指出：古巴修建的导弹基地可以击中西半球的多数城市，构成“对所有美洲国家的和平与安全的明显威胁”。苏联在古巴的“秘密，迅速和不同寻常的集结”是“出于预谋的挑衅性地，不正当地改变现状的行动”，这是美国所不能接受的。强烈呼吁赫鲁晓夫“停止和取消对世界和平和我们两国稳定关系的这种秘密鲁莽并富有挑衅气味的威胁”，要求苏联放弃世界霸权计划，结束军备竞赛，并将导弹从古巴撤离，保持冷静克制。
10月24日加勒比时间上午9时，美国海军正式开始对古巴实施封锁。从佛罗里达半岛南端到美属波多黎各，包括由大西洋通往古巴的各条必经水道，形成一道弧型的封锁线，距古巴海岸500海里。出动兵力包括16艘驱逐舰、3艘巡洋舰、1艘航空母舰和6艘补给舰以及150艘其他后备舰只。他们的任务是检查、阻止、并在必要时“破坏”那些开往古巴的可能载有核弹头、地地导弹、轰炸机等其它设备的苏联船只。
很快，中情局接到海军情报室报告：古巴海域6艘货船有的停止不前，有的掉头返回。之后，中情局确认了在拦截线附近徘徊的16艘船只已停止前进或返航。苏联油轮“布加勒斯特”号则于25日越过封锁线。同日1艘载有1500名旅客的民主德国客轮也被放行。
次日，肯尼迪命令前线人员对被苏联租用的、为巴拿马所有的“马克卢拉”号货船，进行自封锁开始以后的首次登船检查，没有发现载运武器后即放行。
就在同一天，苏联方面称，假若美国保证不入侵古巴，苏联可以撤出导弹。在给肯尼迪的信里，赫鲁晓夫重申苏联向古巴提供武器“只是加强防御能力，因为古巴不拥有任何武器”；美国代表需发表声明：美国方面考虑到苏联的安全和焦虑，将从土耳其撤出自己的这种手段；苏联保证在安理会范围内声明尊重土耳其领土和主权的不可侵犯性。
双方还在讨价还价，时间进入10月27日，古巴导弹危机达到了高潮。当时古巴境内已有5个导弹发射场可供作战使用，第六个也即将完工，可在6-8小时内发射24枚射程为1100英里的地地弹道导弹，且几小时后还可以重新使用。当天早上，美国的两架U-2侦察机遭古巴炮火袭击，其中一架被苏联导弹击落，飞行员丧生。同日，在阿拉斯加上空飞行的一架美国U-2飞机误入苏联楚科奇半岛领空，随即遭到一批苏联战斗机跟踪监视。为防不测，美军F-102A截击机携载空空核导弹的自阿拉斯加起飞。好在双方均保持相当克制，都没有开火。
同一天，美国政府称，如果苏联在联合国观察监督下，撤出部署在古巴的武器系统，并保证不再运往古巴，美国政府同意“马上取消现在实施的隔离措施”、“提供不进攻古巴的保证”。罗伯特肯尼迪召见苏联大使，要求苏联在４８小时内从古巴撤走导弹，表示“美国不能在威胁的压力下作出撤走在土耳其的导弹的决定”。
10月28日，赫鲁晓夫发表广播讲话，公开答复肯尼迪，苏联政府命令“拆除您称为进攻性的武器，并加以包装运回苏联”。
至此，持续了13天的古巴导弹危机至此结束。
在古巴导弹危机发生三十年后，克里姆林宫解密了一批相关档案。根据苏方解禁的绝密档案：苏联已在古巴部署三个中程导弹团，二十四座R－12中程导弹发射器，共有42枚导弹，配备核弹头36个，射程2080公里，可以打到华盛顿和纽约，每一个核弹头的爆炸威力高达一百万吨梯恩梯炸药当量，是广岛原子弹的71倍。
当时苏联还拥有战术核武器：海岸防卫短程巡航导弹80枚，每枚导弹都有核弹头，当量1.4万吨，打击海上目标；“月神”地对地短程战术导弹60枚，核弹头12枚，爆炸威力2000吨当量，攻击滩头目标；六架安装特种设备的伊尔－28型轰炸机可以投掷战术核弹，每架配备“塔季扬娜”核炸弹1枚，当量1200吨；四艘常规动力攻击潜艇配备四枚核鱼雷，核弹头当量2000吨。
可以想象，如果入侵古巴的美军遭到在80枚“广岛原子弹”的打击，伤亡真的难以估计。届时，美国再反击，世界核战争爆发，后果难以设想。
