"巫蛊之祸"是汉武帝在位后期发生的重大政治事件,这次事件的诱因是汉武帝晚年多病，听信谗言疑为身边人巫蛊所致。当时的京师长安聚集了各类神巫，以旁门左道的奇幻邪术迷惑众人，后宫之内也是巫术横行，因相互妒忌，争吵时就轮番告发对方诅咒皇帝，汉武帝一怒之下将后宫嫔妃、宫女还有受到牵连的大臣杀了数百人。
汉武帝晚年与太子刘据的政见之争也愈演愈烈，太子反对汉武帝的穷兵黔武，倾向于休兵止战，此外汉武帝晚年宠信的江充因与太子刘据、卫皇后有嫌隙，担心刘据登基后除掉自己，于是构陷太子行巫蛊之术。刘据得知此事，十分担忧，同时反太子联盟成功将内外封闭，刘据无法得知汉武帝的近况，为了不遭遇秦朝长公子扶苏般的命运，在少傅石德的唆使下，内外交迫困境中的刘据愤然起兵诛杀江充。后来又因小人挑唆，汉武帝相信太子了谋反，于是征调大军追捕太子，在这场大动乱之中，皇后卫子夫和太子刘据先后自杀而亡。
征和三年（公元前90年），汉武帝悔悟，得知太子本无谋反之心，是奸臣搞鬼害死了卫皇后和太子刘据，于是开始报复参与谋害刘据的人。
征和三年十二月，汉武帝仿照刘据烧死胡巫的方法将苏文烧死在横桥上，参与诬陷的李广利被灭族，宰相刘屈氂腰斩并灭族，罪魁祸首江充被夷三族。值得注意的是，汉朝夷族株连的刑法在汉文帝时就已经废除，已经数十年不曾出现，哪怕谋逆大罪，被连坐的也只有父、母、妻、子及同父兄弟姐妹。此刻夷三族重新出现在江充身上，可见汉武帝内心的愤恨。对太子刘据和其儿子在逃亡时兵戎相见的追捕者也纷纷灭族。商丘成、景建、李寿、张富昌、莽通等凡是牵连到刘据之死事件的人，无一不遭到汉武帝的清算。
征和四年，汉武帝向天下人发布了“罪己诏”，表明自己给百姓带来了痛苦，从此不再穷兵黔武，同时也表白内心的悔意。汉武帝成为中国历史上第一个用“罪己诏”自我批评的皇帝。
