公元1368年朱元璋建立了明朝，对于如何安置即将完成攻城略地任务的军队成为他首要考虑的问题之一。王鸿绪《明史稿》载：“明太祖既以武功定夭下，虑兵不可常聚，分军卫以安之。”用“卫”的形式来编制军队，在元朝已存在，不过仅限于禁军。洪武元年（1368年），刘基上奏建议立军卫法，于是就在全国普遍以“卫”和“所”为单位来编制军队。《明史》称：“天上既定，度要害地，系一郡者设所，连郡者设卫。大率五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所，所设总旗二，小旗十，大小联比成军。”卫所之上为“指挥使司”，它与布政司、按察司并称“三司”。
在中央，统制都司卫所的最高机构，先是大都督府，后以其权太重，将大都督府一分为五，设前、后、左、右、中等五军都督府，分领在京在外都司卫所。每府设左右都督和都督同知各一人，都督佥事若干人。五军都督府的主要职责是分领在京各卫所和在外各都指挥使司(简称都司)卫军。各都督府互不相属，都只与兵部联系。五军都督府与兵部分掌兵权。“兵部有出兵之令，而无统兵之权；五军有统兵之权，而无出兵之令。”(《春明梦余录·兵部》)两个机构互相牵制，便于皇帝操纵和控制。到明朝中后期，兵部尚书或侍郎有时可直接掌握京营训练，五军都督府渐成虚设。
卫所军的最早来源，有跟随朱元璋建国的从征兵，有元朝及各割据势力的归附兵，有由罪犯组成的“恩军”，还有从平民中征调的“垛集军”。“垛集”，即以三户民户为一垛集单位、一户为正户，出一丁充军役，另两户为贴户。正军死，由贴户丁补。卫所的设置可依其地理位置而分为京卫、边卫、腹里卫所以及番夷卫所等。
明代军队数量还是十分大的。《明实录》云：洪武二十五年（1392年）官军共一百二十一万四千九百三十一人，洪武二十六年（1393年）“定天下都司卫所”，内外卫三百二十九，守御千户所六十五。如果按卫所满额进行统计，那么，该年的官军总数达一百九十一万余人，后来卫所不断添设，到永乐、宣德年间，内外卫四百九十三，守御电田群牧千户所三百五十九。这个时期军队的最高数额达到三百一十多万人。《明书》云：“正统天下多事之先，滋密并噪衣等卫，卫所官旗军人及边腹兵额共三百一十五万八千一百七十二员名。中今攀徽少，额缺不补，止有一半。至嘉靖中，天下多故，复复原额，而益以末年召募之兵，及诸附籍归顺之兵，不下四百余方。”
《明经世文编》中叶春及称：“国初置卫四百九十一，所三百一十一，以军计之，约三百一十余万。”《谭襄敏公奏议》谭纶也云，明初卫凡四百九十二，所三百一十五，“通计额军三百一十三万八千三百名。”而且他认为明初的卫所，“当其始也，军无缺额”，可见当时的统计数字还是较可靠的。之后黄宗羲也认为明军达“三百十三万八千三百”，《明史》兵志引弘治间李孟肠奏疏谓“天下卫所官军原额二百七十余万”，则不知所本。
至如《明书》说末年军达四百余万也未必可靠。其中虚数应该很多，因为里面加了募兵兵员，且处于明末，制度混乱。据熊廷弼云，募兵均为一些“游食无赖之徒”，这些人“朝投此营，领出安家月粮而暮逃彼营；暮投河东，领出安家银两而朝投河西。点册有名，及派工役而忽去其半，｝领铜有名，及闻告警而又去其半。（《熊襄愍公集》）”可见，如果只按册稽考的人数，可能与实际情况背道而驰了。
再来说说明朝地方的军事武装官员。在明初是都指挥使，一旦征战，中央派都督府官或公、侯、伯为总兵官，完事后还官复原职。后来因边疆战事比较频繁，之前临时委派的总兵官就留下来镇守，成为“固定”官员。中原地区的军事要地也开始设总兵官镇守，管辖都指挥使。明中叶后，朝廷又派文臣到各总兵官以处整理文书、参与机要为名，“监视”武将。明初的巡抚、总督也变成常设官员。巡抚是地方最高行政长官，但往往加有提督军务或赞理军务、参赞军务的名义。总督更拥有“总督文武，自总兵、巡抚而下皆听其节制”(《明通鉴》)的大权，是地方最高军事政治长官。
一般来讲，军队受整个政治、经济的制约，不过从军事方面来看，明朝军队的强弱还与统治阶级的治军政策相关联。如洪武、永乐年间的明军就比较强盛，宣德以后，军队日挫月削，颓废之事不可逆转。
