明太祖朱元璋在统一天下的过程中，征集和吸收了大量军队。庞大的军队对于增强己方实力自然是有好处的，但军队的数量越多，军费开支也就越大。虽然在战争时期，供养单个士兵的花费很低，但至少总得让人吃饱饭。而连年的战争对于经济的破坏可以说是毁灭性的，所以即便占据了许多地方，但收入还远远不足以应付庞大的军费开支。
为了解决这一难题，朱元璋听取了谋士刘基的建议，开始对军队进行整编，建立了卫所制度。所谓卫所制度就是将军队的组织分为卫、所两级。每卫共有士兵5600人，最高长官是指挥使。卫的下级单位是千户所，每千户统兵1120人。千户所下设百户所，每百户统兵112人。
到了洪武二十六年（1368年），大明帝国已经拥有326个卫和65个独立所，兵力高达两百万。由于战争已经基本宣告结束，所以明朝实际上已并不需要继续维持这么庞大的军队。但如果让这些已丧失原来生计的士兵复原，那就会造成新的社会问题。当时社会生产力低下，这么多人的吃饭问题怎么解决呢？接下来要说的就是卫所制度的“重头戏”：屯田。
朝廷给每个卫所都分配了军用农田，每支军队约百分之七十的士兵日常工作就是种田，剩下百分之三十执行军事任务。实际上，在大部分没有战争压力的地方，士兵种田的比例更高。这样一来，士兵们就可以自给自足，解决了吃饭问题。而一旦战事发生，士兵们也可以迅速拿起武器冲上战场。朱元璋曾自豪的说道：“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”
不过，朱元璋可能万万没想到，让他引以为豪的卫所制度后来却导致明军战斗力尽失。
明朝的士兵和普通百姓在户籍上有严格区分。士兵为军户，归五军都督府管辖；百姓为民户，归户部管辖。军户为世袭职业，一旦平民被征为军士，便世世代代为军籍，不得交易，不得参加科举考试。每个军户人家必须出一丁男赴卫所当兵，称作正丁，其他的子弟称作余丁。正丁死亡，要由该军户的余丁依次递补。若本户绝嗣，则要由同族人递补。
军户承担的差役沉重，社会地位很低，基本上世世代代都没有出头之日。所以在朱元璋执政期间，许多士兵就开始逃亡。到了明朝中期，军队里的高级军官和一些地方官员开始利用职权之便，侵占军户的屯田，许多士兵及其家人失去了唯一谋生的手段，被迫沦为权贵佃户。军户家庭到了无法谋生的窘境，士兵逃亡成为普遍现象。据统计，明朝正统三年（1438年），全国范围逃亡的军士高达163万人，人数超过全部卫所军队的一半。这样的军队还想指望他们保家卫国显然不现实。
从明朝中后期开始，为了解决日益严重的边患问题，募兵制开始逐渐替代卫所制。但募兵制供养士兵的成本大幅提高，这又对明朝的财政问题造成了很大的压力。到了万历朝后期，军队纪律松弛，军官和士兵吃空饷的情况很严重。国家财政收入完全不足以应付军费开支，臃肿的大明帝国最终被硬生生地拖垮了。
