首先要强调的是，近亲结婚并不是一定会得遗传病，而是得遗传病的概率会比普通人高几十倍，并且可能会隔代遗传。例如父母是近亲婚配，生出的孩子也很正常，再下一代患遗传病的概率依然会比普通人大很多。
人类目前已知的单基因遗传病超过6000种，如血友病、白化病、镰刀型细胞贫血症等，多基因遗传病，如高血压、糖尿病、精神分裂症、唇腭裂等。而近亲婚配患这些疾病概率高的原因是：正常人其实都会携带十几个致病基因，但这些疾病基因通常是隐性的，携带者Aa表现为正常人，但aa就表现为患病，而近亲婚配的基因相似度高，有可能是两个Aa的人产生了aa的后代。
几百年前，人们并不了解近亲婚配的危害时，还真有过许多悲剧发生，最著名的就是西班牙支系的哈布斯堡家族，他们家族为了保持自己皇室血统的纯正，提倡在家族内部通婚，叔叔和侄女结婚，哥哥和表妹结婚，弟弟和表姐结婚，这些关系在皇室内部看来都是再正常不过了。
哈布斯堡下巴
这样做的后果就是族内人都有“哈布斯堡下巴”，说的通俗一点就是网红版的鞋拔子脸。
这其实是一种常染色体上的显性遗传病，下颚畸形，拉伸了面部骨骼，导致嘴巴难以闭合，连咀嚼食物都出现了问题，说话还大舌头。
玛格丽特·特蕾莎
这位小萝莉也是哈布斯堡家族的公主，名叫玛格丽特·特蕾莎，她由自己的父亲和姑妈的女儿所生。看上去她好像是逃脱了基因的魔抓，并未出现哈布斯堡下巴，但请看下图她长大后的样子，依然没能摆脱命运的枷锁。
可别以为遗传病就如此而已，整个西班牙哈布斯堡家族的孩子夭折率高达79.4%，34个孩子有27个在10岁以前就死亡了，留下来的也都是要受一辈子病痛折磨。家族内不断地近亲婚配，后代的遗传病也越来越多，这样的结果直到卡洛斯二世身上才结束，因为他已经是遗传病的“集大成者”了。
卡洛斯二世
在科学上我们用近交系数来表现某个人和父母之间基因的相似度，超过0.8%就属于近亲结婚，而卡洛斯二世的数值是25%！
卡洛斯二世不到40岁就死亡了，这对于他来说应该算是高寿了，远端型肾小管酸中毒和代谢紊乱使他阳痿早泄，两位妻子都未能给家族留下子嗣，最终导致了西班牙支系的哈布斯堡家族灭亡。
生前，卡洛斯二世也患有癫痫、智力障碍和其它遗传疾病，天生发育迟缓，说话时口水直流，在旁人看来他就像一个傻瓜。在他死亡后，验尸官解剖尸体时发现心脏已经严重萎缩，肠子也烂了，只剩下一个黑色睾丸，脑部也充满体液。
近亲结婚在历史上已有非常典型的案例，患遗传病死亡就是最终归宿。
除此以外，近亲结婚的教训还有达尔文的婚姻，从达尔文往上的三代人都是近亲结婚，达尔文娶了自己的表妹艾玛。结婚后艾玛像生育机器一样为达尔文生了10个孩子，但10个孩子中有3人在10岁前死亡，有3人无法生育。
