日本的“幕藩体制”，指的是具有特定含义且存在于一定历史时期的一种封建统治形式，即由幕府和藩组成的统治体制。日本史学界通常将织田信长和丰巨秀吉执掌政权时期的织丰时代看作日本近世开端。尤其是织田信长，不仅镇压了农民起义，还改革了统治体制，命家臣于城下盯居住，为了集权，收回战国大名的分权，瓦解公家、寺社……庄园制的统治，逐渐成为最高实际掌权者。丰臣秀吉继续推进并实现全国的政治、军事统一，日本社会进入近世封建制。
实际上，“幕藩体制”这一名称由古岛敏雄于１９５３年在其专著《日本幕藩体制》第一次提出，其体制特征为：“以幕府为核心、以各藩国为支柱的政治制度；以石高分封制和本百姓体制为原则的经济制度；以身份等级制为统治秩序和职业体系的社会制度；锁国制的对外政策。”
按照该理论，“幕藩体制”的形成，最早始于十六世纪末丰臣秀吉执政时期。１５９０年，丰臣秀吉最终统一日本。为了解除农民的武装，颁布《刀狩令》；为了分离兵农，实施“太阁检地”；为了稳固领主对农民的剥削，执行石高制……这种体制已十分接近“幕藩体制”了。直到１６０３年，德川家康任“征夷大将军”，于江户建立幕府，标志着“幕藩体制”的正式形成，其主要特征体现在：
在政治上，将军不仅是全国最大的封建领主，还是全国最高的封建统治者。
通过关原之战，德川家康征服了所有大名，于江户设立幕府，成为全国政权中心，幕府和将军掌握全国的最高政治、经济、军事权力；在各藩，大名又有实行相对独立的政治、经济、军事权力。日本出现了“大一统”局面，不过和中国的大一统模式不一样了。日本的将军凭借占据全国四分之一领地的经济实力，成为诸大名中的翘楚，但是这种经济军事实力又不能彻底打趴各个大名，有点像我国古代的诸侯国一样，迫使德川家康不得不采取了这种适合日本社会发展的统一模式，即幕府集权与藩国分权相统一。
这个制度也有弊端，如果幕府的综合实力一旦衰落，根本不能有效管理各自独立的多个藩国，甚至有可能会被藩国的推翻。
而幕府的综合实力主要靠所占有的领土体现出来。如德川家拥有土地的最高所有权，是全国第一大地主。据永原庆二《日本经济史》记载：十七世纪末叶时，幕府直辖领地达６８０万石，占全国总石数的近四分之一，幕府将直辖领地的２６０万石左右作为采邑赏赐给部分直属将军的武士--旗本；除幕府直辖的领地和皇室占有３万石、公卿贵族７万石、寺社４０万石外，其余土地则分别属于大名，大名的数量随着时代的变化而变化，一般维持在２７０个左右。大名之间的差异也很明显，最大的大名前田家高达１０２万石，最低的仅１万石。
据王金林《简明日本古代史》统计了江户中期的一些数据：５０万石以上７人，２０至５０万石者巧人，１０至２０万石者３２人，５至１０万石者４６人，５万石以下１６６人。外样大名很大，２０万石以上的就有１４人，谱代大名人数尽管不少，却基本较小，有三分之二均为５万石以下。
大名从将军那里得到土地后，也把一些土地赏赐给自己的近臣，形成了从将军到大名，到一般武士，犹如金字塔式的“幕藩体制”。
在经济上，强权高压实施石高制。
石高制，形成于日本战国时代的太阁检地，用此来确定水田、旱田及山林等土地面积、等级，以稻米作为衡量收益量标准，将各等级土地的标准稻米产量计算出来，然后通过生产力换算为稻米生产量的石高形成米年贡制。一句话，就是以稻米的生产量为基准进行核算。将军分封大名、大名分封家臣的计算标准，领主和武士收取赋税和领取俸禄都以实物米来计算，这是幕藩体制社会的基础。根本就是建立以将军为顶点的知行地（领地）体系，社会的各个群体依靠占有的年贡米的流动连在一起的。正如日本学者井上准之助所说的：“石高制对百姓来说成为贡租征收的基准，对大名而言是承担军役的基准，这两个特性将下至百姓上到大名都编入到了幕藩体制的社会统和中。”
石高制的执行，这样一来各大名、家臣团的土地不管面积大小、生产力如何，都可以用具体的石高数量来表示。如贺藩前田家拥有１２０．５万石的领地，萨摩岛津家拥有７２．８７万石的领地……即使最小的大名也有具体的石高数土地。
幕府政权通过强大的军事经济实力，拥有最高的土地所有权。如德川幕府就是由德川氏一个大名，逐渐成为掌控全日本的官僚机构，拥有领导各藩的权限。到德川家光时，幕府机构开始定型，１６４４年家光命令全日本按统一标准绘藩图，修乡账，发给领知朱印状，将他们全部纳入以将军为最高权限的幕藩体制体系中。
在思想上，强化武士道精神。
武士道，即武士的道德规范和行为准则，最高道德就是“忠”，标准是随时做好为主君牺牲生命的准备。
早在镰仓、室町时代，主君为了取得家臣武士的忠诚，开始恩赏他们土地。到了德川幕府时期，政府实行“契约承包”，即将土地交给了农民。这样一来，家臣武士唯一的生活来源就是主君赏赐的俸禄—米，对主君的依赖更进一步，如果对主君不“忠”，生活都成问题。
随着“幕藩体制”的成熟，武士的“忠”更是发展到剖腹谢主的境地，毫无疑问这是一种病态的“忠”。据《日本思想史大系》载，武士的首要任务是：“事君尽忠，究义详事而置身于后，守其位不辱君命”；若不事君尽忠，便是“盗父母之惠，贪主君之禄，一生之间唯终于盗贼大命。”
在军事上，幕府掌控外交及军政大权。
幕府对外代表整个国家，以将军名义撰写国书，将军称“大君”、“国主”，执行外交权力，天皇与各藩无权过问，并独享外交情报。
在军事上，幕府拥有最高统帅权，战时可以下令征调各藩军队，一般动员的总兵力约８０００0人，号“旗本八万”。
但是，“幕藩体制”也有“缺陷---导致“闭关锁国”。因为幕府和各藩的经济基础是小农自然经济，幕府必须依靠强大的实力控制藩国的经济发展并保护“幕藩体制”赖以生存的基本保障--自然经济，防止其瓦解。这样一来，幕府还要执行另一个“职能”，即限制商品经济的发展。
但是，随着日本日益扩大海外贸易，商品经济不断发展，尽管可以增强幕府经济实力，但也使得各大名得到极大利益，他们逐渐对幕府的统治不满，这是幕府难以接受的。此外，海外贸易还带来了基督教等各宗教在日本生根发芽。因此，为了能长久地控制各藩，幕府开始闭关锁国。当然，这个过程不是一蹴而就的。１６１２年，幕府向直辖领地发布禁教令：驱逐教士、毁坏教堂、强迫改变信仰，并推及全日本。１６２３年英国关闭平户商馆，１６２４年禁止西班牙船入境，１６２８年滨田弥兵卫在台湾与荷兰总督斗争，１６３１年规定“奉书船”制度……１６３３--１６３９年的家光时代，幕府前后颁布五道“锁国令”，最终完全闭关锁国。
