有数以万亿的微生物栖息在人体内，它们大多数生活在肠道中，在那里帮助我们消化食物，其价值也逐渐被认可。现在，越来越多对微生物的研究发现，肠道微生物的“触角”在进一步延伸，像一只无形的手在“遥控”大脑，对大脑活动产生影响，在自闭症、焦虑症、抑郁症以及其它神经系统疾病中发挥关键作用。
为了研究肠道微生物对大脑的影响，来自爱尔兰的科学家们在老鼠身上进行了实验。研究人员将喂食鼠李糖乳杆菌与无菌老鼠分别放在水槽里，它们既不能接触底部，也不能到达水面。结果，被喂食鼠李糖乳杆菌的老鼠至少游了6分钟，而相比之下无菌老鼠游了仅约4分钟。当研究人员对两组老鼠进行检查时发现那些喂食细菌的老鼠血液中的应激激素只有无菌老鼠的一半。换句话说，细菌可以减轻老鼠的压力，被喂食微生物的老鼠就像是服用了减轻焦虑的药物，所以相比于无菌鼠，它们更不容易感到害怕或恐慌，在水中挣扎的时间更长。
虽然目前大多数基于微生物的大脑研究都是在老鼠身上进行的，但是已经有一些涉及到人类。有科学家将患有焦虑症的人类的肠道细菌转移到无菌老鼠身上，结果这些老鼠也表现得更加焦虑。
2013年，美国科学家对36名年龄在18岁至55岁之间的女性进行了实验。研究人员将志愿者分为三组，其中一组每天两次给她们提供含有多种益生菌混合物的特定酸奶，持续4周；另外两组要么提供不含有细菌的酸奶，要么不提供酸奶。在揭示焦虑程度的情绪测试中，研究人员发现坚持饮用益生菌酸奶的女性反应更平静，情绪更为平稳。这说明了肠道菌群在一定程度上会影响人焦虑或抑郁等情绪。
那么看似如此渺小的肠道微生物是如何来“指挥”大脑，影响我们情绪的？科学家认为微生物可能会释放神经递质或者产生某些化学物质促使肠道细胞产生神经递质，通过进入血液或者刺激迷走神经（肠道和大脑之间的主要通讯线路），将信号传给大脑，使其产生更多的应激激素，从而影响我们的情绪。而且这种机制背后可能是微生物的一种生存策略，因为快乐的人更倾向于社交，人类越社会化，微生物交换和传播的机会就越大。
如果肠道里的微生物确实对大脑有着如此重要的影响，那么也许未来可以通过相对简单的肠道疗法，改变我们的肠道环境或微生物群的组成来改善大脑精神状况，毕竟这些微生物可能具有更丰富的经验，副作用可能更少。这种可能性是有趣的，即使我们离治疗精神疾病的益生菌还有很长的路要走。
